В конце 1998 г. было представлено второе поколение Jeep Grand Cherokee. Новый кузов был на 12 см длиннее с той же колесной базой. Форма кузова стала более округлой, интерьер и багажное отделение были увеличены. Базовый двигатель с рабочим объемом 4.0 дм3 был изменен для повышения производительности. Второй бензиновый двигатель абсолютно новый выполнен в системе V8, а его объём составляет 4.7 дм3 (пришёл на замену двигателю с объёмом 5.2 дм3). Также новым был турбированный дизельный двигатель объемом 3.1 дм3. Он имел пять цилиндров и былразработан итальянской компанией VM. Этот двигатель использовался в автомобилях, предназначенных для европейских рынков. В 2002 году автомобили этого семейства были модернизированы. Незначительные изменения произошли в переднем бампере и воздухозаборнике. Большие изменения произошли в ассортименте двигателей. Бензиновый двигатель объемом 4.7 дм3 был слегка усилен, и, кроме того, была представлена версия H.O. (High Output) со значительно большей мощностью. Еще одним изменением стала замена двигателя VM новым двигателем объемом 2.7 дм3 из семейства Mercedes-Benz.
Производство автомобилей второго поколения закончилось в 2004 году.