Название Skoda Octavia появилось во второй раз в ноябре 1996 года. Данная модель разрабатывалась уже в составе Volkswagen. Просторный кузов основан на шасси Golf IV. Также механические узлы, включая двигатели, взяты из моделей, предлагаемых группой Volkswagen. Первоначально использовались бензиновые двигатели объемом 1,6 дм3 (в двух версиях) и 1,8 дм3, а также дизельные двигатели объемом 1,9 дм3 в безнаддувных и наддувных версиях. Двигатели устанавливались поперечно, а привод передавался на передние колеса. Skoda Octavia Combi в кузове универсал была представлена на автосалоне 1997 года во Франкфурте-на-Майне. Рыночный дебют этой версии состоялся в середине 1998 года. В то же время, диапазон двигателей был расширен, стали доступны более крупные бензиновые агрегаты: двигатель с турбонаддувом объемом 1,8 дм3 и безнаддувный двигатель объемом 2,0 дм3.
В 1999 году на рыне стала предлагаться более экономичная версия Octavia, оснащенная двигателем 1,4 дм3, который является модернизированной версией давно известного агрегата 1,3 дм3, используемого в модели Felicia. Второй новинкой того же года был универсал с приводом на обе оси. Здесь также использовались разработки группы Volkswagen, например Golf 4Motion, где распределение движущей силы между двумя осями соответствовало сцеплению типа Haldex. Также была представлена юбилейная модель с роскошным оборудованием под названием Laurin & Klement, которая должна была подчеркнуть приверженность бренда к традициям. Осенью 2000 года была представлена обновленная версия Octavia. Фейслифтинг в основном касался передней части автомобиля. Линейка двигателей также была обновлена. Старый бензиновый двигатель объемом 1,4 дм3 был снят с производства, и представлен новый с 16 клапанами. Абсолютной новинкой стала спортивная версия с символом RS. Для управления использовался турбодвигатель объемом 1,8 дм3, разработанный на базе спортивного Audi TT.
С 2002 года модель RS также была доступна в кузове универсал, а модель 4x4 - в кузове лифтбек. В следующем году была представлена более мощная версия двигателя 1.9 TDI. Производство автомобилей Skoda Octavia следующего поколения началось в феврале 2004 года, но производство этого поколения не было завершено. С осени они были отмечены дополнительным названием Tour. Производство Skoda Octavia Tour закончилось только в 2010 году.