После пяти лет производства японский гигант решил сменить Avensis первого поколения на более новую модель с внутренним кодом Т250.
Как и его предшественник, новый Avensis не впечатлял своей красотой, но и не был некрасивым. Посредственный стиль означал, что автомобиль снова не будет выделяться, но также спустя много лет он не будет не выглядеть сильно устаревшим и немодным. Опять же, японцы предлагали выбор из трёх типов кузова. Это были: 4-дверный седан, 5-дверный лифтбэк и 5-дверный универсал. По сравнению с Avensis I второе поколение этой модели стало значительно длиннее (примерно на 10 сантиметров) и шире (на 5 сантиметров). В результате автомобиль выглядел намного серьезнее своего предшественника.
Важным преимуществом Avensis I было большое пространство в салоне автомобиля. Так было и в новой модели. Здесь было даже больше места. Даже самый высокий человек мог с комфортом разместиться на переднем сиденье. С другой стороны, сзади жаловаться мог только пассажир, сидящий на среднем сиденье, когда передние сиденья были отодвинуты как можно дальше назад. Тогда могло не хватать места для ног. Передние сиденья и заднее сиденье были очень удобными, поэтому даже долгая поездка была приятной. Приборная панель и центральная консоль выглядели намного свежее, чем в автомобиле первого поколения, но дизайнерам снова не хватило чутья, чтобы спроектировать их интересным образом. Однако их работа была безотказной. Качество использованных материалов и их эргономика были на высшем уровне. Не менее важным достоинством Avensis II была хорошая звукоизоляция салона. Достоинством машины были также просторные багажники. Самый маленький багажник в лифтбэке имел целых 510 л, а в универсале при сложенных задних сиденьях объем багажного отделения составлял 1500 л.
Авенсис второго поколения был очень безопасным автомобилем. В ведущем краш-тесте, проведенном EuroNCAP, автомобиль получил максимальную оценку в пять звезд. Это было связано, в том числе, и с его обширной оснасткой для обеспечения безопасности. Когда Toyota Avensis подверглась фейслифтингу в 2006 году, самая дешевая версия включала в себя восемь подушек безопасности в стандартной комплектации, ABS с EBD, ASR и ESP.
Самые богатые версии Avensis также имели автоматический двухзонный кондиционер, круиз-контроль, парктроник, спутниковую навигацию, алюминиевые диски и кожаную обивку.
Toyota Avensis II поставлялась с большим выбором двигателей. Самый маленький из них, бензиновый, имел рабочий объем 1.6 л и оснащался системой изменения фаз газораспределения. У него было 110 л.с., но для этой машины это оказалось слабым решением. По словам покупателей, лучше было обратить внимание на 1.8-литровый двигатель мощностью 130 л.с., а 2-литровый агрегат на 147 л.с., хотя и мощный, отличался высокой частотой отказов из-за используемого в нем прямого впрыска топлива. На большинстве рынков можно было купить Avensis с 2.4-литровым двигателем мощностью 163 л.с.
Люди, которые ценят низкий расход топлива, могли выбрать один из двух дизельных агрегатов, оборудованных системой Common Rail. Меньший двигатель имел объем 2 литра и выдавал 116 или 126 л.с. К сожалению, первые экземпляры более слабой версии страдали из-за отказа турбонагнетателей. Более крупный 2.2-литровый двигатель мог иметь мощность 150 или 177 л.с. Как уже упоминалось выше обновленный Avensis стал доступен в июне 2006 года. Некоторые изменения по сравнению со старой моделью - поворотники теперь размещены в боковых зеркалах, новый передний бампер и новая решетка радиатора, на 2-литровом дизеле ремень грм заменили цепью. Изменились кнопки на руле, инфодисплей с центра консоли переехал под тахометр, а его место занял бардачок, аудиосистема поддерживающая форматы MP3/WMA/ASL. Среди наиболее часто упоминаемых недугов Avensis, помимо сбоев в оборудовании двигателей и самих двигателей, плохое освещение и запотевание фар, ржавчина. Иногда шумит и рулевой механизм, а на дизельных версиях могут сломаться двухмассовые маховики.
После шести лет производства Toyota заменила Avensis II на более новую модель с внутренним обозначением T270.