Второе поколение модели Neon появилось на рынке осенью 1999 года. Общая концепция автомобиля осталась неизменной. Новый кузов получил колесную базу на 25 мм длиннее, а более изящные формы еще больше уменьшали значение коэффициента сопротивления воздуха Cx. Основной силовой агрегат представлял собой четырехцилиндровый бензиновый двигатель с рабочим объемом 2.0 дм3. Привод передавался на передние колеса через пятиступенчатую механическую коробку передач или трехступенчатую автоматическую коробку передач.
Осенью 2001 года на европейском рынке была представлена более экономичная версия этой модели, которая была оснащена меньшим двигателем объемом 1.6 дм3. В этих моделях не использовались «автоматические» коробки, но в следующем году базовая версия Neon могла быть оснащена новой четырехступенчатой автоматической коробкой передач. Также в 2001 году ассортимент моделей был расширен более динамичной версией с дополнительным обозначением R/T. R/T оснащалась новым двигателем SOHC Magnum: объёмом 2,0 л. и мощностью 150 л.с. (110 кВт); 16-дюймовыми дисками, спойлером, двумя хромированными трубами выхлопа, более отзывчивым рулевым управлением и жёсткими пружинами. Модели R/T 2001 и 2002 годов имели тонко прилегающий спойлер в стиле акулы (hammerhead). Производство автомобилей Neon второго поколения было прекращено осенью 2005 года.